番禺区政府采购管理办公室的前身是番禺区政府采购中心，于1999年12月23日经番禺区机构编制委员会批准成立，是区财政局属下单位。2003年1月1日《中华人民共和国政府采购法》正式实施，该法明确规定政府采购监督管理职能和执行职能必须分离，2003年11月28日番禺区政府采购中心更名为政府采购管理办公室，依法对政府采购工作履行监督管理职能。
    自2000年起我区政府集中采购总额一直位居广州市各区县级市首位，2001年度成为广州市第一个采购额超亿元的区，并建立起全市第一个区级政府采购政务公开网站。